Ya fue liberado el Release Candidate de los Proyectos de Aplicación Web para Visual Studio 2005.
Ahora ya puedes crear proyectos al modo Visual Studio 2003, usando Code-Behind.
Hay una serie de tutoriales publicada en http://webproject.scottgu.com, en la cual nos explica a detalle, como crear Proyectos Web con Visual Studio 2005, como migrar Aplicaciones Web de Visual Studio 2003 a Visual Studio 2005 usando VS 2005 Web Application Project, además también muestra como migrar Proyectos Web Site creados con VS2005 a Proyectos de Aplicación Web.